Skip to main content
Springer Nature Link
Account

Table 2 The target genes in the study, oligonucleotide primers, and PCR conditions used.

From: Prevalence, antimicrobial resistance, and virulence factors of Enterococcus spp. infecting broiler chickens in Egypt

Target gene

Primers sequences

(5`- 3`)

Product

size (bp)

Primary

denaturation

Number of cycles (No.) and PCR conditions

Final extension

References

No.

Denaturation

Annealing

Extension

aac(6’)/

aph(2’’)

F-GAAGTACGCAGAAGAGA

491

94 ˚C

5 min.

35

94 ˚C

30 s.

54 ˚C

40 s.

72 ˚C

40 s.

72 ˚C

10 min.

33

R-ACATGGCAAGCTCTAGGA

ermB

F-CATTTAACGACGAAACTGGC

405

94 ˚C

3 min.

35

94 ˚C

30 s.

55 ˚C

30 s.

72 ˚C

1 min.

72 ˚C

5 min.

83

R-GGAACATCTGTGGTATGGCG

tetM

F-GTGGACAAAGGTACAACGAG

406

95 ˚C

5 min.

30

95 ˚C

1 min.

62 ˚C

1 min.

72 ˚C

1 min.

72 ˚C

7 min.

84

R-CGGTAAAGTTCGTCACACAC

vanA

F-CATGACGTATCGGTAAAATC

885

95 ˚C

10 min.

36

94 ˚C

1 min.

56 ˚C

1 min.

74 ˚C

1 min.

74 ˚C

10 min.

85

R-ACCGGGCAGRGTATTGAC

int1

F-CCTCCCGCACGATGATC

280

96 ˚C

5 min.

30

96 ˚C

30 s.

55 ˚C

30 s.

72 ˚C

30 s.

72 ˚C

7 min.

75

R-TCCACGCATCGTCAGGC

int2

F-TTGCGAGTATCCATAACCTG

288

94 ˚C

5 min.

35

94 ˚C

30 s.

55 ˚C

30 s.

72 ˚C

1 min.

72 ˚C

7 min.

62

R-TTACCTGCACTGGATTAAGC

cylA

F-ACTCGGGGATTGATAGGC

688

95 ˚C

15 min.

30

94 ˚C

1 min.

56 ˚C

1 min.

72 ˚C

1 min.

72 ˚C

10 min.

86

R-GCTGCTAAAGCTGCGCTT

gelE

F-TATGACAATGCTTTTTGGGAT

213

95 ˚C

15 min.

30

94 ˚C

1 min.

56 ˚C

1 min.

72 ˚C

1 min.

72 ˚C

10 min.

R-AGATGCACCCGAAATAATATA

Back to article page